Pada tahun 2000 Kementerian agama Kota Jakarta Timur melebarkan sayapnya ke wilayah Kelurahan Cipayung Kecamatan Cipayung Kota Jakarta Timur. Dengan mendirikan KJ MIN 13 Kampung Tengah dengan PLH-nya Drs. Suharyo. Setelah berjalan 3 tahun KJ MIN 13 Kampung Tengah berubah menjadi MIN 16 Cipayung sesuai dengan KMA No. 558 tahun 2003 tertanggal, 30 Desember 2003.
Setelah terakreditasi tahun 2007 dengan nilai A, maka satu tahun kemudian MIN 16 Cipayung mendapat Predikat Madrasah Standar Nasional (MSN). Predikat tersebut tidak semudah yang dibaca, perlu perjuangan, kerja keras guru dan kepala madrasah serta tenaga kependidikan dalam kemampuan verifikasi 8 standar sebagai dasar yang diterapkan Kanwil Kementerian Agama Prov. DKI Jakarta dan memacu siswa dalam bidang akademik.
Tahun 2010 Gubernur DKI Jakarta Dr. Ing. H. Fauzi Bowo berkunjung ke MIN 16 Cipayung yang ditunjuk sebagai Sub Rayon 51 Jakarta Timur. Beliau berkunjung dalam rangka monitoring kegiatan UN Tahun Pelajaran 2009 / 2010. Alhamdulillah atas motivasi Bapak Gubernur salah satu siswa MIN 16 Cipayung yang bernama Arini Rahma Hakiki mendapat nilai 10 besar UN tertinggi pertama di tingkat Provinsi DKI Jakarta dengan jumlah nilai 28,30 (B.Indonesia 9,20 , MTK 10 , IPA 9,50) dan di undang ke gedung DPRD untuk mendapatkan penghargaan dari Gubernur DKI Jakarta.
Pada tahun 2012 MIN 16 Cipayung di Akreditasi kembali dengan peringkat “ A “ dan jumlah nilai 91. Tahun 2013 MIN 16 Cipayung mendapat kunjungan Bapak Menteri Agama yang diwakili Dirjen Pendis Kementerian Agama RI Bapak Prof. Dr. Noor Syam , dalam rangka monitoring UN Tahun Pelajaran 2012 / 2013.
Pada tahun 2014 salah satu siswa MIN 16 Cipayung kembali mendapatkan prestasi 10 besar terbaik ke dua tingkat Provinsi DKI Jakarta.
Pada tahun 2014 MIN 16 Cipayung berubah menjadi MIN 16 Jakarta Timur berdasarkan KMA Nomor 363 tahun 2015
Berbagai macam prestasi akademik dan non akademik yang sudah diraih MIN 16 Jakarta Timur dari mulai pertama sampai sekarang itu semua berkat kerja keras dan kerja sama semua pihak terutama kami ucapkan terima kasih tak terhingga kepada Yth.
- PLH. Alm. Bapak Drs. Suharyo, S.Ag (2000 – 2003)
- Kamad Bapak Alm. Drs. Sastro Jago Hartono (2003 – 2008)
- Kamad Bapak Drs. H. Imam Santosa (2008 – 2011)
- Kamad Bapak H. M. Zubad, S.Ag, M.Pd.I (2011 – 2018)
- Kamad Bapak Drs. H. Yayat Aris Hidayat, M.Si (2018 – 2023)
- Kamad bapak FAOZI, M.Pd (2023 – sekarang)
Yang sudah memimpin MIN 16 Cipayung dengan baik seperti sekarang ini.
Demikian sejarah singkat MIN 16 Jakarta Timur dengan harapan semoga kedepannya menjadi Madrasah yang lebih baik lagi di tingkat Provinsi maupun tingkat Nasional.